1. 問題： RT-PCR 靈敏度：在瓊脂糖凝膠分析中看到少量或沒有 RT-PCR 產物。

可能原因：
1 ） RNA 被降解 ( 如何確定 RNA 是否被講解，詳見前 “ 植物 RNA 的提取 ” 。
建議解決方法：
在用來驗證完整性之前先在變性膠上分析 RNA 使用良好的無污染技術分離 RNA ；在將組織從動物體取出后立刻處理在 100 ％甲酰胺中儲存 RNA ；如果使用胎盤 RNase 抑制劑，不要加熱超過 45 ℃ 或 pH 超過 8.0 ，否則抑制劑或釋放所有結合的 RNase 。而且，在 ≥0.8mM DTT 時加入 RNase 抑制劑，一定要存在 DTT 。

2 ） RNA 中包含逆轉錄抑制劑
建議解決方法：
通過乙醇沉淀 RNA 除去抑制劑。用 70 ％（ v/v ）乙醇對 RNA 沉淀進行清洗。可以加入糖元（ 0.25μg 到 0.4μg/μl ）以幫助小量樣品 RNA 的恢復。
逆轉錄抑制劑包括： SDS ， EDTA ，甘油，焦磷酸鈉， spermidine ，甲酰胺和胍鹽。
將對照 RNA 同樣品混合，同對照 RNA 反應比較產量以檢驗抑制劑。

3 ）多糖同 RNA 共沉淀
建議解決方法：
使用氯化鋰沉淀 RNA 以除去多糖。 自己的實驗經驗： 一般用乙酸鈉就可以出去多糖，但是要用 70 ％乙醇洗 2-3 次除鹽。

4 ）用于合成 cDNA 鏈合成的引物沒有很好退火建議解決方法：
確定退火溫度適合您的引物。對于隨機六聚體，建議在反應溫度保溫之前先在 25 ℃ 保溫 10 分鐘。
對于基因特異性引物（ GSP ），可以試一下其他 GSP ，或換用 oligo(dT) 或隨機六聚體 . 確定 GSP 是反義序列。

5 ）起始 RNA 量不夠
建議解決方法：
增加 RNA 量。
對于＜ 50ng 的 RNA 樣品，可以在鏈 cDNA 合成中使用 0.1μg 到 0.5μg 乙酰 BSA 。

6 ） RNA 模板二級結構太多
建議解決方法：
將 RNA 和引物在不含鹽及緩沖液條件下變性 / 退火 . 提高逆轉錄反應溫度，對 Superscript Ⅱ 可以到 50 ℃ ，對 Thermoscript 可以到 65 ℃ 。
注意：不要在＞ 60 ℃ 時使用 oligo(dT) 引物，選擇一個在反應溫度可以退火的 GSP 。對于＞ 1kb 的 RT-PCR 產物，保持反應溫度 ≤65℃ 。
注意：不要在高于 37 ℃ 時使用 M-MLV 。
如果不需要全長 cDNA ，在鏈反應中使用隨機引物。

7 ）引物或模板對殘余的 RNA 模板敏感
建議解決方法：
在 PCR 前用 RNaseH 處理。

8 ）靶序列在分析的組織中不表達
建議解決方法：
嘗試其他靶序列或組織

9 ） PCR 沒有起作用
建議解決方法：
對兩步法 RT-PCR ，不要在 PCR 步驟中使用超過 1/5 的逆轉錄反應產物。

2. 問題： PCR 靈敏度：在瓊脂糖凝膠分析中看到少量或沒有 RT-PCR 產物。

可能原因：
1 ） PCR 引物設計較差
建議解決方法：
避免在引物 3' 端含有互補序列。避免可以形成內部發卡結構的序列。設計 Tm 類似的引物。

2 ） DNA 含有抑制劑
建議解決方法：
諸如 DMSO ， SDS 和甲酰胺之類的試劑會抑制 Taq DNA 聚合酶。如果懷疑污染了抑制劑，可以使用乙醇沉淀 DNA 。

3 ）富含 GC 的模板
建議解決方法：
對于 GC 含量＞ 50 ％的模板，使用 PCRx Enhancer Solution 。

4 ）模板濃度太低
建議解決方法：
使用 104 拷貝的靶序列，以在 25 到 30 個循環中獲得信號。

5 ）鎂離子濃度太低
建議解決方法：
從 1mM 到 3mM ，間隔 0.5mM 進行一系列反應，確定對于每個模板和引物對的佳鎂離子濃度。注意：對實時定量 PCR ，使用 3mM 到 5mM 的鎂離子濃度。

6 ）退火溫度太高
建議解決方法：
使用表 4 的公式估算 Tm ，把退火溫度設定為低于 Tm 5℃ 。因為這些公式只是估算 Tm 值，所有真正的退火溫度實際會高些或低些。

7 ）引物濃度太低
建議解決方法：
jia引物濃度介于 0.1μM 到 0.5μM 之間。為了確定引物濃度，在 260nm 測量光密度，然后使用光吸收值和消光系數計算濃度。

3. 問題： RT-PCR 特異性：在瓊脂糖凝膠分析中觀察到非預期條帶。

可能原因：
1 ）物和模板非特異性退火
建議解決方法：
在鏈合成中使用 GSP ，而不是隨機引物或 oligo(dT) 。

試用允許高溫 cDNA 合成的 GSP 。
2 ） GSP 設計較差
建議解決方法：
遵循用于擴增引物設計的同樣原則

3 ） RNA 中沾染了基因組 DNA 建議解決方法：
使用擴增級 DNase Ⅰ 處理 RNA 。使用沒有逆轉錄的對照反應檢測 DNA 污染。

4. 問題： PCR 特異性：在瓊脂糖凝膠分析中觀察到非預期條帶。

可能原因：
1 ）形成引物二聚體
建議解決方法：
設計在 3' 端沒有互補序列的引物。

2 ）引物和模板非特異性退火
建議解決方法：
以 2 ℃ 到 5 ℃ 間隔增加退火溫度，減少退火時間。
在開始幾個循環使用較高的退火溫度，然后使用較低的退火溫度。
使用 Platinum Taq DNA 進行自動熱啟動 PCR 。
避免在引物 3' 端含有 2 到 3 個 dG 或 dC 。

3 ）鎂離子濃度太高
建議解決方法：
對于每一個模板和引物組合優化鎂離子濃度。

4 ）因為擴增復雜模板導致引物錯誤起始
建議解決方法：
使用巢式 PCR 或遞減 PCR 。

5 ）沾染外源 DNA 建議解決方法：
使用抗氣霧劑的 tip 和 UDG 。

6 ）因為二級結構導致引物結合位點無法接近
建議解決方法：
對于 GC 含量＞ 50 ％的模板，使用（ 1×-3× ） PCRx Enhancer Solution 。

5. 問題： PCR 忠實性： PCR 在產物序列中引入了錯誤可能原因：

1 ）聚合酶忠實性低
建議解決方法：
使用帶有校正活性的熱穩定聚合酶，如 Platinum Pfx DNA 聚合酶。

2 ）循環數太多
建議解決方法：
降低循環數。

3 ）四種 dNTP 的濃度不同
建議解決方法：
制備新的 dNTP 混合物，保證四種核苷濃度相同。使用預混合物