經甲醛固定的部分組織細胞，因固定過程中可能會形成醛鍵或羧甲基而封閉部分抗原決定簇，使免疫組化標記敏感性明顯降低，因此在染色前，有些抗原需進行修復或暴露。

抗原修復方法可分為化學方法和物理方法。化學方法是以酶消化方法，常用胰蛋白酶及胃蛋白酶，配制濃度與消化時間要適度。常用的物理方法有單純加熱、微波處理和高壓加熱。在選用這三種方法時，浸泡切片的緩沖液的離子強度和pH、加熱的溫度和時間均影響著抗原修復效果。
1、pH的應用范圍及選擇  

抗原修復液的pH非常重要，有效的抗原修復pH要比修復液的化學成分重要，同樣的修復液隨著pH的升高染色的強度逐漸增強，但佳pH范圍為6.0-10.0。目前大家公認的好的抗原修復液是pH6.0的檸檬酸鹽緩沖液和pH8.0的EDTA緩沖液。作為通用修復液堿性pH的修復液要比酸性的有效，而對固定很長時間舊的存檔組織，酸性pH的修復液則優于堿性的修復液。
2、抗原修復時應選擇佳溫度  

70-90℃的溫度對未經固定的蛋白質可發生變性，但經福爾馬林固定的蛋白質，溫度必須達到92℃以上方能使其變性。研究結果顯示，溫度為92-98℃是合適的，95℃。
3、抗原修復液必須遵循自然降溫規律，否則效果不好或達不到抗原修復的目的  

抗原修復持續時間過后，取出放于室溫中讓其慢慢地降溫，不能為了爭取時間，強行用冰塊或冷水使其降溫。這是因為當高溫中的抗原蛋白分子鏈脫離了其他的束縛或聯結，要有一個自然環境讓其自然放松下來，隨著溫度的降低，它們會慢慢地恢復原來的形態和構型。
4、盡量使用足量的抗原修復液  

應用于抗原修復的液體，一定要充足，防止切片干涸。應用大量的抗原修復液時，由于它的量較大，可延緩液體的沸騰時間，增加切片受微波輻射的量，對抗原修復將達到徹底